歷史上，柯爾克孜人最早信仰薩滿教。約在公元10世紀(jì)柯爾克孜人的意識(shí)中還充滿著崇拜自然神的宗教觀念，主要是水神和草神。這跟當(dāng)時(shí)柯爾克孜人(時(shí)稱黠戛斯)以游動(dòng)的畜牧業(yè)經(jīng)濟(jì)為生有密切關(guān)系。

由于當(dāng)時(shí)生產(chǎn)發(fā)展水平低下，人們對(duì)自然界的種種自發(fā)現(xiàn)象(如天旱缺水、牧草枯萎等)無法理解而又無力抗拒，于是相信在這些現(xiàn)象后面有超自然的力量，即有神靈在主宰著。因?yàn)樗筒輰?duì)于人和牲畜來說太重要了，所以柯爾克孜人對(duì)主宰著這兩者的神最為崇拜。同時(shí)，他們還崇拜大自然的其他現(xiàn)象。

柯爾克孜人最初是崇拜圖騰。有名的圖騰是雪豹和鹿，柯爾克孜族世界著名作家艾特瑪托夫的小說《白輪船》講述的也是跟母鹿有關(guān))。除此，還信仰“烏買”女神信奉祖先和天神，他們朝南方禱告，崇拜太陽，認(rèn)為火星不吉利。

到了清代，才轉(zhuǎn)信伊斯蘭教，屬于正統(tǒng)的遜尼派?？聽柨俗巫褰^大部分人信仰伊斯蘭教。他們?cè)缭?6世紀(jì)中葉就已經(jīng)開始信奉伊斯蘭教了。他們信仰伊斯蘭教遜尼派的哈納菲派。禮拜寺是教徒活動(dòng)的主要場(chǎng)所。禮拜寺多數(shù)建在城市。教規(guī)五功：“念功”、“拜功”、“課功”、“齋功”、“朝功”。

宗教禁忌

忌踩鹽和食物。鹽和食物自古被族人視為神圣物品，故認(rèn)為踩踏鹽與食物為極大罪過。此外，古代柯爾克孜人還忌跨越象征食物寶藏的餐布，忌坐由牲畜絨毛搓成的毛繩，忌跨越花繩(據(jù)傳該族視狼為圖騰，而狼跨越花繩)等原始宗教性禁忌習(xí)俗。

忌對(duì)月亮、星星訴苦。該族先民認(rèn)為星代表人的生命，是人的命星，月是冷神，向其訴苦是一種罪過。

忌傍晚睡覺，易被妖魔纏身。

忌晚上往外拿白色的東西。因奶為白色，是該族主要食品，故視白為財(cái)富、為幸運(yùn)、為神圣色。晚上從家里往外拿白色的東西，這等于拿走財(cái)富與幸福。

忌黑，認(rèn)為黑色可引起恐懼，帶來災(zāi)難，為邪惡、黑暗、絕望之象征，故除喪禮中穿黑色衣服外，日常生活中忌諱黑色。