在爪哇島佛教王國(guó)夏連特拉王朝時(shí)代，佛教及印度教開(kāi)始傳入巴厘島。愛(ài)爾·卡首次將巴厘島與爪哇島統(tǒng)一，其后經(jīng)過(guò)新柯沙里王朝，1343年爪哇島印度教王國(guó)麻諾巴歇再次統(tǒng)一兩地，印度教開(kāi)始大規(guī)模進(jìn)入巴厘島，并和原來(lái)的佛教進(jìn)行融合。

1515年伊斯蘭王國(guó)淡目興起并取代麻諾巴歇，于是很多印度教精英逃往巴厘島，由此開(kāi)始印度教文明的繁榮。

1550年巴圖仍貢建立了第一個(gè)巴厘島王國(guó)。

1588年西方人第一次來(lái)到島上，據(jù)說(shuō)3個(gè)荷蘭航海家船只失事后到達(dá)島上，后來(lái)能夠搭船回國(guó)時(shí)卻只有1人愿意回去，由此也可見(jiàn)巴厘島的魅力。

其后進(jìn)入荷蘭殖民時(shí)期。在很長(zhǎng)一個(gè)時(shí)期，殖民者只專注于爪哇島和蘇門(mén)達(dá)臘的資源掠奪(香料、木材等)和海上貿(mào)易，并未將巴厘島納入進(jìn)來(lái)。

一直到20世紀(jì)初，荷蘭人決定征服該島，巴厘島土著在抗?fàn)師o(wú)效之后，選擇大規(guī)模集體自殺，1906年登巴薩王室貴族幾乎全部自殺于荷蘭軍隊(duì)面前(現(xiàn)在登巴薩市政廣場(chǎng)的紀(jì)念碑即是紀(jì)念此事件)。自殺事件經(jīng)新聞傳到歐洲后引發(fā)震動(dòng)，迫使殖民者實(shí)行較人道的統(tǒng)治，巴厘島的傳統(tǒng)文化特色也由此能夠保持下來(lái)。