18世紀中葉起，沙俄侵略中國，并侵入哈薩克草原和原屬清伊犁將軍管轄的巴爾喀什湖以東、以南地區(qū)。1864～1883年，沙俄以訛詐和軍事威脅手段，迫使清政府簽訂一系列不平等條約，按照條約中“人隨地歸”的規(guī)定，侵占了原屬中國的哈薩克族及其居住地區(qū)。1864年，游牧在齋桑湖一帶的哈薩克族12個克烈部，因不堪沙俄的統(tǒng)治和壓迫，離開原牧地，移居到阿爾泰山地區(qū)。1883年，哈薩克黑宰部落3千多戶遷入伊犁和博爾塔拉地區(qū)。劃界后，又有了不少哈薩克族遷入了中國境內(nèi)。至19世紀中葉，哈薩克族占了伊犁地區(qū)居民的大多數(shù)。他們有豐富的畜牧業(yè)生產(chǎn)經(jīng)驗，對祖國邊疆的經(jīng)濟發(fā)展作出了貢獻。

光緒十年(1884)新疆建省后，伊犁、塔城及蒙古、哈薩克部落隸屬于伊犁將軍；北部的阿勒泰初屬于科布多參贊大臣，后劃為勒泰區(qū)(1919)。1911年辛亥革命爆發(fā)后，結(jié)束了清朝對哈薩克人民的專制統(tǒng)治。