民間傳說，當(dāng)年鄭成功力收復(fù)臺(tái)灣，籌造戰(zhàn)船時(shí)，因運(yùn)輸困難，急需木材，臨時(shí)向青礁"東宮"拆借兩殿木料，并請(qǐng)匠人在"東宮"依樣塑造吳真人金身，祈請(qǐng)壓陣助戰(zhàn)，許愿"收復(fù)臺(tái)灣后重建故宮"。臺(tái)灣收復(fù)后，鄭成功軍隊(duì)便在學(xué)甲鎮(zhèn)鄭軍登陸處，修建一座仿如青礁吳真人廟的"慈濟(jì)宮"，供奉隨軍壓陣的吳真人全身。因此，學(xué)甲鎮(zhèn)慈濟(jì)宮，便成為臺(tái)灣第一座保生大帝廟。

作為吳真人本源之地的廈門，信奉保生大帝的自然非常之多。據(jù)清道光間《廈門志》所載，廈門單獨(dú)奉祀保生大帝的廟宇雖然只有吳厝巷壽山宮、橋仔頭玄妙宮、馬柱青龍宮、后蓮鰲山宮4座，但同時(shí)奉祀天后和吳真人的宮府卻達(dá)23座之多?？紤]到清廷對(duì)媽祖的大力推崇，估計(jì)有一些宮廟，原本是只奉祀保生大帝，后來在官方的鼓吹下，才一道供奉媽祖。如西門外的慈濟(jì)宮，也是同時(shí)奉祀?yún)钦嫒撕蛬屪娴?。但從宮名可以看出，原先必是保生大帝廟，媽祖當(dāng)是后來才擺進(jìn)去的。

對(duì)保生大帝的信仰，在臺(tái)灣民間同樣非常流行。這大約同開臺(tái)初期，瘴癘多，得病后缺醫(yī)少藥，只有求助于保生大帝的情況，有相當(dāng)?shù)年P(guān)系。近年來，臺(tái)灣的保生大帝信眾常常組織進(jìn)香團(tuán)，在農(nóng)歷三月十五日吳真人誕辰慶典時(shí)，來廈門青礁慈濟(jì)官謁祖進(jìn)香。青礁慈濟(jì)宮在政府撥款和臺(tái)胞捐助下，重修一新，并且成立了"吳真人研究會(huì)"。吳真人信仰和媽祖信仰，已經(jīng)成為凝聚臺(tái)灣同胞，海外僑胞的文化象征，而湄洲和青礁、白礁，也成為他們認(rèn)祖歸宗的朝圣地。