裕固族信仰喇嘛教，是屬于喇嘛教格魯派（黃教）。但是，裕固族的祖先在歷史上曾信過別的宗教。在公元8世紀中以前，回紇人就曾信仰薩滿教。他們崇拜精靈，崇拜祖先，害怕雷霆。還應(yīng)時而產(chǎn)生了能預(yù)卜吉兇、呼風喚雨的男女巫師。后來，裕固族的祖先又先后信仰過摩尼教和佛教。

裕固人最初信仰原始宗教—薩滿教，到了8世紀中葉，回紇政權(quán)建立后，隨著封建制度的日益發(fā)展，本來崇拜精靈的原始薩滿教已經(jīng)不能滿足新興封建主階級的需要了，為了維護各部落的統(tǒng)一，加強君主的威望，這就需要產(chǎn)生一個能夠庇護唯我獨尊的君主地位的神，于是在公元762年，回紇第三代可汗牟羽可汗出兵助唐平定“安史之亂”后，帶回四個摩尼僧，牟羽可汗宣布摩尼教為國教。從這時起，回紇人信仰了摩尼教。

11世紀初的甘州回鶻在裕固族歷史上處于重要階段。在這個時期里，信仰摩尼教的回鶻人從漠北來到佛教興盛的河西地區(qū)，由于受當?shù)匚幕妥诮痰挠绊?，裕固族的祖先拋棄了摩尼教，改信佛教。并為佛教的傳播作出了貢獻，對河西地區(qū)乃至周圍其他民族，都有過一定的影響。

唐代以后裕固族先民在進入河西后接受了漢傳佛教，后來受到藏族的影響，開始信仰藏傳佛教。但由于語言文字方面的障礙以及在中華人民共和國成立以前裕固族人口的稀少等原因，使得藏傳佛教傳入到裕固族地區(qū)以后，發(fā)生了一些變化。再者，由于各種原因，宗教信仰在裕固人的信仰世界中，并沒有留下根深蒂固的影響。

到了元代，元朝統(tǒng)治者崇尚喇嘛教薩迦派，這樣，裕固族的祖先又改信了喇嘛教。

喇嘛教的組織非常嚴密，設(shè)有喇嘛（有的寺院稱堪布或活佛）、法臺、僧官、提經(jīng)、僧人和班弟。喇嘛是寺院的最高統(tǒng)治者，以轉(zhuǎn)世來繼承。喇嘛、法臺、僧官有打罰僧人和班弟的權(quán)力，一般僧人很難升為法臺和僧官，即使有個別的，也要付出大量的錢財。班弟大多數(shù)是貧苦牧民的子弟，他們?yōu)槔锘騻鹘?jīng)的師傅長期服無償勞動。

喇嘛教對裕固族人民的經(jīng)濟生活有著很嚴重的滲入和影響。各個寺院每年通過部落或直接由寺院借放會、念經(jīng)的名義，向牧民強派布施。如每年每個寺院都有定期的正月大會、四月大會、六月大會、十月（或九月） 大會，每月十五還有一次小會。這樣，寺院上層不僅占有大量牲畜和草場，還通過這些名目繁多的放會、念經(jīng)、算卦向牧民收取布施。

從20世紀80年代初開始，中國許多地區(qū)出現(xiàn)了宗教信仰上的“反彈”現(xiàn)象，但在裕固族地區(qū)卻沒有出現(xiàn)類似現(xiàn)象。到目前為止，原來被毀的寺院中，也僅有長溝寺、明海寺和康隆寺得到了有限的恢復，總共也只有四五個僧人。因此，在總體上，當代裕固人，特別是年輕人的宗教信仰意識趨向淡薄。

如今，裕固人的宗教信仰中仍然包含有很大比例的原始薩滿教信仰的成分。裕固族薩滿教的巫師稱“也赫哲”或“喀目”。在從前，由也赫哲所主持的儀式活動主要有每年農(nóng)歷正月舉行的祭“汗騰格爾”（祭天神）儀式、農(nóng)歷六月舉行祭鄂博（敖包）儀式以及各種治病求福的巫術(shù)活動。另外，現(xiàn)代裕固人對火的崇拜現(xiàn)象、火葬習俗、許多驅(qū)邪禳災(zāi)活動等，都與古老的薩滿教信仰有關(guān)。

現(xiàn)在裕固族地區(qū)的祭鄂博儀式多以行政村為單位舉辦或輪流舉辦。有的地方已經(jīng)開始將這類活動與當?shù)氐穆糜谓哟顒酉嘟Y(jié)合，使原來的祭鄂博活動在內(nèi)容和形式上越來越具有現(xiàn)代民族文化傳播意義。