宋金元時(shí)期，在解剖學(xué)、診斷學(xué)、病因?qū)W、法醫(yī)學(xué)，以及臨床各科和對(duì)《傷寒論》的研究諸方面，又有了突破性的發(fā)展。由于政府重視，宋王朝創(chuàng)立了校正醫(yī)書(shū)局，對(duì)歷代傳世的重要醫(yī)籍，進(jìn)行了大規(guī)模的收集校正，刊行出版；為保存和傳播中醫(yī)典籍，做出了不可磨滅的貢獻(xiàn)。

這一時(shí)期，還由官方出面組織力量，編寫(xiě)了《開(kāi)寶本草》、《嘉祐本草》、《本草圖經(jīng)》、《太平圣惠方》、《圣濟(jì)總錄》、《太平惠民和劑局方》等本草方劑專(zhuān)書(shū)。

降至金元，醫(yī)學(xué)上的最大成就，就是學(xué)術(shù)流派的空前繁榮。當(dāng)時(shí)，劉完素提出火熱論，著述有《素問(wèn)玄機(jī)原病式》等；張從正提出攻邪論，著述有《儒門(mén)事親》行于世；李杲提出脾胃論，著述有《脾胃論》、《蘭室秘藏》等；朱震亨提出相火論，著述有《格致余論》、《局方發(fā)揮》等。劉、張、李、朱；醫(yī)史上稱(chēng)之為“金元四大家”，可見(jiàn)其時(shí)學(xué)術(shù)爭(zhēng)鳴的一斑。

明代，李時(shí)珍著《本草綱目》，這是我國(guó)藥學(xué)史上最為輝煌的一部巨著，后來(lái)被譯成日、朝、拉丁、英、法、德等多國(guó)文字，廣泛傳播于世界各地。《本草綱目》之外，明王朝對(duì)于中醫(yī)學(xué)有較大貢獻(xiàn)的，還有吳有性著《溫疫論》，創(chuàng)“戾氣”致病學(xué)說(shuō)。這是17世紀(jì)在傳染病病因?qū)W上的卓越創(chuàng)見(jiàn)。它為清代祖國(guó)醫(yī)學(xué)在溫病領(lǐng)域里的開(kāi)拓崛起，起到了先導(dǎo)作用。

這一時(shí)期，還出現(xiàn)了一些高水平的醫(yī)學(xué)全書(shū)，其中享有盛名而至今仍為醫(yī)家推崇的則數(shù)張介賓《景岳全書(shū)》為最。

清朝是我國(guó)最后一個(gè)王朝。這一時(shí)期，祖國(guó)醫(yī)學(xué)的最大成就，是形成了與傷寒學(xué)說(shuō)相羽翼而又有相對(duì)獨(dú)立性的新理論——溫病學(xué)說(shuō)，從而豐富了祖國(guó)醫(yī)學(xué)對(duì)于外感熱病治療的手段和經(jīng)驗(yàn)。其時(shí)葉天士著《溫?zé)嵴摗?，薛生白著《濕熱條辨》，吳鞠通著《溫病條辨》，王孟英著《溫?zé)峤?jīng)緯》，洋洋灑灑，蔚為大觀。

溫病學(xué)說(shuō)之外，王清任《醫(yī)林改錯(cuò)》和吳尚先《理瀹駢文》，也在中醫(yī)學(xué)發(fā)展中各樹(shù)一幟。王清任注重實(shí)踐，不僅在解剖學(xué)及研究醫(yī)學(xué)的方法論方面做出了可貴的貢獻(xiàn)，而且還創(chuàng)造了許多活血化瘀和益氣活血的方劑，擴(kuò)大并深化了祖國(guó)醫(yī)學(xué)對(duì)于瘀血病癥的認(rèn)識(shí)和治療。

吳尚先的創(chuàng)新精神在于從理論和實(shí)踐上，對(duì)古代外治法進(jìn)行了系統(tǒng)的繼承和發(fā)揚(yáng)，使這一簡(jiǎn)、便、廉、驗(yàn)的治療方法，得到了廣泛的推廣和應(yīng)用。

民國(guó)以來(lái)，隨著西洋醫(yī)學(xué)的源源輸入，自清代形成的中西醫(yī)匯通思潮有了進(jìn)一步的發(fā)展。其時(shí)出現(xiàn)的衷中參西學(xué)派，為中西醫(yī)互相取長(zhǎng)補(bǔ)短，做出了有益的探索，并使中西醫(yī)匯通的思想和學(xué)術(shù)內(nèi)容，作為中醫(yī)事業(yè)發(fā)展的一個(gè)重要方面，逐漸滲透到中醫(yī)各科臨床、教學(xué)和書(shū)刊中，成為現(xiàn)代中西醫(yī)結(jié)合研究的先行。

歷史上的中醫(yī)學(xué)，一直是以民間的研究和發(fā)展為主流，政府實(shí)際對(duì)于醫(yī)學(xué)的研究并沒(méi)有起到主導(dǎo)作用，這為中醫(yī)的學(xué)派形成、治療技術(shù)方面的多樣化創(chuàng)造了好的外部條件。但是，利弊相兼，中醫(yī)學(xué)的研究和發(fā)展，也始終沒(méi)有得到政府的重視，在僵化的人文社會(huì)環(huán)境下，作為自然科學(xué)一部分的醫(yī)學(xué)甚至受到壓制，一批社會(huì)精英不愿從事醫(yī)學(xué)，直接導(dǎo)致清末封建王朝解體之后祖國(guó)醫(yī)學(xué)一蹶不振，如形骸獨(dú)立。