2006年1月，橫濱僑界組團專程赴媽祖故里湄洲島，由媽祖祖廟法師為訂造完工的媽祖主神像、分神像及100尊小神像舉行分靈開光儀式，隨后一路虔誠恭護回橫濱。

3月8日，媽祖主神像在業(yè)已告竣的中華街媽祖廟正殿安座入住。同年3月17日，中華街媽祖廟隆重舉行落成慶典，中國駐日使館總領事于淑媛、僑務領事李輝、日本橫濱市市長中田宏與日本各地華僑華人社團、中華街各界代表近千人出席。中田宏市長特地致辭祝賀，他說，為保持中華街整體特色，橫濱市決定放棄原興建高層公寓計劃，用來建設對弘揚媽祖及中華文化具有特別意義的媽祖廟。媽祖是中華文化中的海神，而橫濱也是海港城市，希望媽祖也能保佑橫濱。

慶典儀式上，該廟理事會九位理事人人身著藍色中式長袍，向媽祖神像行三叩九拜大禮，虔誠敬獻主香，祈愿天后娘娘保佑僑民僑社平安吉祥。當?shù)刂腥A學校學生還表演富有中國南方特色的獅子舞，廟內外人潮如涌，鞭炮鑼鼓聲此起彼伏。

儀式結束后，人們爭先恐后進廟燒香朝拜媽祖。自此，媽祖廟成了橫濱中華街又一地標性建筑，更是日本弘揚媽祖文化最大信仰中心。