元亡以后，中央王朝的力量到不了西北塞外，柯爾克孜族的處境開始惡化。傲迫遷至帕米爾高原和天山荒辟的深山里。后來，一部分柯爾克孜族人民為擺脫準(zhǔn)噶爾貴族的統(tǒng)治，又遷至中亞塔什干、費爾干納及其附近；一部分迂到帕米爾高原、興都庫什山和喀喇昆侖山一帶及其附近地區(qū)。原本完整的柯爾克孜族被分開來，人口也激劇下降。